En varias ocasiones hemos visto la relación del pequeño Bowser Jr. con su padre, pero nunca hemos conocido nada acerca del paradero de su madre.
En Super Mario Sunshine, el rey de los Koopas engañó a su hijo haciéndole pensar que su madre era la princesa Peach, pero más tarde se descubrió que esto no era cierto.
Lo poco que sabemos sobre la madre de Bowser Jr. lo podemos encontrar en la revista oficial de Nintendo en el Reino Unido, donde se presentó a Clawdia Koppa, un personaje que nunca hemos visto en otro videojuego. Aunque lamentablemente, los propios escritores desmintieron luego que este personaje fuera oficial. Así que la incógnita sobre la madre de Bowser Jr. sigue sin resolverse y solo podríamos obtener más información si preguntamos directamente a Miyamoto, donde lo mas seguro es que nos dirá que él es la madre de Bowser jr.